全外顯子測序 (Whole-exome sequencing,WES)是應(yīng)用頻率最高的基因組測序方法。外顯子是人基因組的蛋白編碼區(qū)域,利用序列捕獲技術(shù)可以將其DNA捕獲并且富集。雖然外顯子區(qū)域僅占全基因組1%左右[1],卻包含了85%的致病突變[2]。相比全基因組測序,全外顯子測序更加經(jīng)濟、高效。外顯子組測序主要用于識別和研究與疾病、種群進化相關(guān)的編碼區(qū)及UTR區(qū)域內(nèi)的變異。結(jié)合大量的公共數(shù)據(jù)庫提供的外顯子數(shù)據(jù),有利于更好地解釋所得變異與疾病的關(guān)系。
技術(shù)優(yōu)勢
直接對蛋白編碼序列進行測序,找出影響蛋白結(jié)構(gòu)的變異;
高深度測序,可發(fā)現(xiàn)變異頻率低于1%的罕見變異;
僅針對外顯子組區(qū)域,有效降低測序費用、存儲空間和工作量。
產(chǎn)品應(yīng)用
相比于全基因組測序,外顯子區(qū)域占比?。s1%),因此更容易做到更高深度測序,檢測到更多低頻和罕見變異,同時也能降低測序費用和存儲空間。外顯子測序,50M的捕獲區(qū)域,測序數(shù)據(jù)量10-12Gb就可以得到100X的有效測序深度。這個特性決定了外顯子測序在遺傳性疾病和腫瘤研究中的重要作用,特別是做腫瘤異質(zhì)性研究。由于腫瘤異質(zhì)性,腫瘤內(nèi)部有很多亞克隆,有些亞克隆的占比很低,應(yīng)用外顯子高深度測序可以更快、更經(jīng)濟地檢測出普通測序深度難以發(fā)現(xiàn)的體細胞突變。
(華大基因編輯)