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技術(shù)特邀責(zé)編團企
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轉(zhuǎn)導(dǎo)生物實驗室
你身邊的DNA操作技術(shù)團隊
轉(zhuǎn)導(dǎo)生物深耕分子生物學(xué)技術(shù)十二載，是國內(nèi)極具信譽的DNA操作技術(shù)團隊，堅信再普通的技術(shù)做到極致也能有自己的品牌。轉(zhuǎn)導(dǎo)生物拓展RACE技術(shù)應(yīng)用，訂單量、完成率、正確率、保真性在生物技術(shù)領(lǐng)域處于領(lǐng)先地位。每年10000+RACE序列擴增訂單，為其積累了豐富的經(jīng)驗，配合組學(xué)數(shù)據(jù)挖掘結(jié)果，大幅度提升RACE方法獲取目的基因的速度與準度。轉(zhuǎn)導(dǎo)生物實驗室作為國內(nèi)RACE技術(shù)領(lǐng)域的翹楚，聚生物特邀其作為RACE聚透技術(shù)板塊的責(zé)編團企。
技術(shù)概述
葉綠體是植物細胞內(nèi)最重要、最普遍的質(zhì)體，是進行光合作用的關(guān)鍵場所。葉綠體基因組結(jié)構(gòu)與序列信息在揭示物種起源、進化演變及不同物種的親緣關(guān)系等方面具有重要價值。同時，葉綠體轉(zhuǎn)化技術(shù)在遺傳改良、生物制劑的生產(chǎn)等方面顯示出巨大潛力，而葉綠體基因組結(jié)構(gòu)和序列分析則是葉綠體轉(zhuǎn)化的基石。傳統(tǒng)上植物葉綠體基因組的獲取，利用葉綠體基因組保守序列設(shè)計簡并引物，未知序列擴增以及長PCR擴增，對擴增產(chǎn)物進行 一代 測序，最終拼接、組裝得到完整的葉綠體基因組。但是耗時較長，隨著科學(xué)技術(shù)的發(fā)展，測序手段不斷更新，近年來很多科學(xué)工作者熱衷于采用高通量測序，先分離葉綠體再提取cpDNA，選取合適的葉綠體參考基因組，然后使用SOAPdenovo 短序列軟件對這些序列組裝，最終得到完整的葉綠體基因組，但不是所有物種都適用于此方法，高等植物葉片往往含有較高含量的色素及單寧類物質(zhì)，使得其葉綠體分離及 cpDNA 的提取較為困難。
（轉(zhuǎn)導(dǎo)生物編輯）
技術(shù)詳情
葉綠體基因組DNA一般為雙鏈環(huán)狀分子，極少數(shù)為線狀。葉綠體基因組的結(jié)構(gòu)非常保守，有以下3個特點：
1.一般含有四部分：短單拷貝序列（short single copy，SSC）,長單拷貝序列（long single copy，LSC）,反向重復(fù)序列IRA和IRB。
2.大部分IRA和IRB長各10-24Kb，編碼相同，方向相反。
3.葉綠體DNA(cpDNA)啟動子和原核生物的相似，有的基因產(chǎn)生單順反子的mRNA，有的為多順反子mRNA。
在漫長的演變進化過程中，這幾個部分的結(jié)構(gòu) 順序保持不變，不同物種葉綠體基因組之間的差異 主要表現(xiàn)在IR區(qū)域的長度和方向變化上.
為此，我們可根據(jù)實際情況對目的物種進行總DNA提取，或者進行cpDNA提取，根據(jù)提供的分類地位信息，檢索可參考的線粒體全長序列，設(shè)計簡并引物進行PCR釣取、未知序列擴增以及長PCR擴增；高通量測序與一代Sanger測序相結(jié)合以獲取葉綠體基因組全序列。
2. 作為遺傳載體用于植物轉(zhuǎn)基因；
3. 植物種群遺傳和分子系統(tǒng)發(fā)育研究。
基因組注釋，基因組快速上傳NCBI，制作環(huán)形圖，重復(fù)序列分析（串聯(lián)重復(fù)序列（tandem repeat sequences）和散在重復(fù)序列（dispersed repeats）），密碼子偏好性分析，系統(tǒng)發(fā)育分析等。
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葉綠體DNA測序完，不知道怎么處理，一堆得數(shù)據(jù)，